En cumplimiento del estándar de calidad GMP, el procesamiento de las muestras de SCU se realiza en salas blancas, instalaciones que tienen como objetivo proporcionar un ambiente de trabajo en el que se minimice el riesgo de contaminación de los productos tratados. Factores ambientales como la luz, la humedad, la temperatura o la ventilación son estrictamente controlados para evitar cualquier daño sobre la calidad de los medicamentos o sobre el funcionamiento de los equipos.
 

La separación celular se realiza por reducción de volumen, para aislar las células madre de otros componentes de la sangre antes de la crioconservación. Se utiliza un sistema de procesamiento cerrado que evita toda posible contaminación ambiental. Este sistema es el elegido por los bancos públicos en el ámbito internacional y el más eficaz en la preservación de las células madre, ya que implica un menor uso del crioprotector DMSO, que puede romper la membrana exterior de los glóbulos rojos y liberar su contenido que, a largo plazo, es tóxico para las células madre. Otra importante ventaja de esta técnica es que, en caso de que la muestra de células madre tuviera que ser utilizada, el equipo médico conocería sus datos de calidad antes de prescribir el tratamiento, mientras que si la sangre se ha conservado entera, las cifras de células mononucleadas y CD34+ obtenidas antes de la crioconservación se reducirían drásticamente durante el procesamiento previo a la aplicación terapéutica.
 

A la analítica completa de la madre realizada durante el embarazo se suma la serología del vial de sangre materna que se extrae en el parto. Las analíticas, realizadas por PCR, incluyen VIH, hepatitis B y hepatitis C. La reacción en cadena de la polimerasa o PCR es una técnica que amplifica un fragmento de ADN para identificar, con alta probabilidad, virus o bacterias. Este segundo análisis evita a la madre del recién nacido la molestia de tener que realizarse una analítica con posterioridad al parto y permite que la muestra de células madre se almacene en el contenedor definitivo, pues sus resultados son inmediatos.

El muestreo por citometría de flujo (técnica de medición de componentes de la superficie celular para su caracterización) permite contabilizar el número de plaquetas residuales, glóbulos rojos residuales, concentración de glóbulos blancos, células nucleadas y células madre CD 34+.

El proceso de crioconservación se realiza a una velocidad de enfriamiento de -1º C por minuto. El almacenamiento en nitrógeno líquido asegura una temperatura constante de -196º C. La congelación en rampa reduce el riesgo de pérdida celular por cambios bruscos de temperatura.